Les clés asymétriques sont utilisées conjointement à un algorithme de chiffrement à clés symétriques afin de chiffrer un message. On peut toujours découvrir la clé privée de quelqu'un en utilisant sa clé publique, le seul facteur limitant étant le temps. Les calculs mathématiques sont énormes et la puissance informatique n'est pas à la portée du premier venu. Il est à noter qu'une clé de chiffrement conventionnel (symétrique) de 80 bits est, sur le plan de la sûreté, équivalente à une clé publique de 1024 bits. Cette comparaison n'est qu'approximative car les deux algorithmes sont très différents.
Les clés sont stockées dans deux fichiers sur le disque dur, un premier contenant la clé privée et un deuxième contenant les clés publiques des personnes avec qui l'on veut communiquer. Si quelqu'un venait à perdre sa clé privée, il serait alors incapable de déchiffrer tout message lui étant adressé.